厭氧反應(yīng)器內(nèi)部，由于水解和產(chǎn)酸菌的作用，有機(jī)污染物首先被降解為揮發(fā)性脂肪酸（VFA），然后才能被產(chǎn)甲烷菌所利用。由于產(chǎn)酸菌生長(zhǎng)速率和對(duì)環(huán)境的適應(yīng)性明顯高于產(chǎn)甲烷菌，所以在反應(yīng)器啟動(dòng)和運(yùn)行期有可能出現(xiàn)VFA產(chǎn)生量大于消耗量的情況，這將導(dǎo)致有機(jī)酸在反應(yīng)器內(nèi)部的積累，嚴(yán)重的將造成反應(yīng)器內(nèi)部pH值的大幅度下降從而對(duì)產(chǎn)甲烷菌產(chǎn)生破壞性影響，使整個(gè)系統(tǒng)“酸化”甚至崩潰。

低pH值的危害是由未解離的揮發(fā)性脂肪酸和硫化氫濃度的增加而引起的。與解離的形式相反，未解離的揮發(fā)性脂肪酸和硫化氫能穿透細(xì)胞膜并在細(xì)胞內(nèi)解離造成毀滅性的pH下降。

因此，維持反應(yīng)器內(nèi)部一定的pH緩沖能力是必須的。厭氧反應(yīng)器中最重要的緩沖系統(tǒng)是碳酸（H₂CO₃）/碳酸氫鹽（HCO₃^—）系統(tǒng)，其pKa在6.3，這意味著當(dāng)pH6.3時(shí)碳酸和碳酸氫根的數(shù)量相等，這時(shí)緩沖能力最大。該平衡創(chuàng)造的緩沖能力主要用堿度來(lái)表示。

生產(chǎn)廢水中若含有大量的酸類物質(zhì)，因此必須保證反應(yīng)器進(jìn)水含有足夠的堿度，一般應(yīng)維持進(jìn)水碳酸鈣堿度：進(jìn)水COD濃度≥1：3。反應(yīng)器出水堿度一般高于進(jìn)水堿度，采用出水循環(huán)可有效提高進(jìn)水堿度并能減少調(diào)節(jié)池中投加Na₂CO₃的藥劑量。